「在留資格認定證明書」是新入境日本時使用的文件，需提交給機場或海港的入境審查官，用以證明本人（來自國外的人士）符合「日本某種特定的在留資格」。持有此文件對於入境審查及獲准登陸非常有利。英文簡稱有時亦稱為COE。
使用居留資格認定證明書申請日本居留的流程
- 接收企業或接收家庭（外國人的家庭）向日本的地方出入國在留管理局申請核發在留資格認定證明書。
- 將核發居留資格認定證明書。
- 我們將把該文件郵寄給身在國外的申請人（即該外國人本人）。
- 該外國人等將利用此證件，向設於海外的日本大使館或領事館申請簽證，並獲發簽證。
- 持有效護照及簽證，於日本機場或海港接受入境許可審查後，即可入境。
有效期限
居留資格認定證明書的有效期限為3個月。必須在該期限屆滿前，使用已取得的證明書申請登陸許可審查。
居留資格認定證明書在入境管理制度中的作用
那麼，接下來我將說明，在《入國管理法》的制度下，該「居留資格認定證明書」究竟發揮什麼作用，以致最終對取得登陸許可有所助益。
證明四項登陸條件中的其中一項
日本《出入國管理及難民認定法》規定了四項條件，作為在機場或海港進行登陸審查時核發登陸許可的依據。居留資格認定證明書正是用以證明已符合其中一項條件的文件。換言之，申請人可在已證明符合四項條件中至少一項的情況下，前往機場或海港接受登陸審查。實質上，說這等同於已符合半數以上的細則，亦不為過。由於若未獲准登陸，便無法進入日本，只能直接從機場返回母國，因此事先證明已實質上滿足過半數條件，其價值極高。
關於登陸許可的登陸條件
- 護照與簽證的有效性
- 符合居留資格（即符合特定居留資格，並滿足該居留資格的詳細標準——即登陸許可標準）（COE）
- 居留期間符合規定
- 不屬於拒絕入境事由
雖然並非強制要求，但實際上卻是必須的
事實上，對於大多數居留資格而言，雖未規定必須使用居留資格認定證明書，但在實際操作與運用上，其使用已近乎成為必要（短期停留等部分居留資格除外）。
試著重溫「在留資格認定證明書制度」的意義與沿革
那麼，為何使用「居留資格認定證明書」幾乎已成為必要條件呢？這是為了提高登陸許可申請的效率。是否持有此證明書，將導致審查期間相差數個月至六個月。以下將對此進行說明。
經過
首先，入境許可的審查將在日本的機場及海港進行。屆時，外國人必須證明自己符合上述四項入境條件。若審查通過即可入境，若未通過則必須直接返回本國。
為了防止此類賭博行為，各國設有可透過日本大使館及領事館辦理的簽證制度。簽證是貼在護照上的證明貼紙，亦代表外國人有望在日本的機場或海港滿足入境所需的四項條件。換言之，這相當於入境的預先批准。
只要持有此證件，在日本機場或海港進行入境許可審查時，因審查未通過而被迫返國的風險將大幅降低。不過，相對地，日本駐世界各地的大使館或領事館在審查入境許可的四項條件時，也會更加嚴格。
在此情況下，若外國人向大使館或領事館申請簽證，實質上必須向大使館或領事館證明這四項條件。
從制度沿革來看，在尚未有「居留資格認定證明書」的時代，大使館或領事館可能曾向日本國內的出入國在留管理部門進行查證或調查。據推測，透過此類訪談或調查來驗證真偽與妥當性，有時可能需要耗費數個月以上的时间。
在此情況下，開始採用一種做法，即由外國人或日本企業自行證明大使館及領事館所進行的訪談與調查結果，藉此縮短相關程序所需的時間。而用於自行證明這些訪談與調查內容的文件，即是「在留資格認定證明書」。
意義・含義
結果上，這項制度成功抑制了以下缺點。
- 即使前往日本，仍可能面臨申請後未獲准登陸，而必須立即從機場或海港返回本國的風險
- 為避免上述風險，需在使館或領事館等待數個月以上，以便進行面談及調查以取得錄取通知
綜合上述因素，所建立的合理制度即是「居留資格認定證明書制度」。
申請地點
申請地點為日本各地的出入國在留管理局。由於「在留資格認定證明書」需確認日本國內接收企業等之實際狀況及在留活動內容，因此該證明書採在日本國內申請並核發之制度。
申請人、代理人、申請代辦人
「在留資格認定證明書」的申請人應為外國人本人。然而，由於該證明書僅能在日本境內申請，因此通常由接收企業或接收家庭（即外國人本人的家屬）等代為申請。
由企業以代理人身分提出申請的情況
若在企業等機構工作時需要居留資格認定證明書，由於這是與員工入職相關的申請，通常由該企業負責主導申請程序。
個人以代理人身分提出申請的情況
若欲申請「家庭居留」資格，居住在日本的家人可代為辦理居留資格認定證明書的申請手續。
涉及行政書士等申請代辦人的案例
雖然在留資格認定證明書的申請有時會由代理人（企業或家屬）代為辦理，但在實際操作中，通常是由行政書士等申請代辦人協助處理文件製作及申請手續。
所需文件
申請「在留資格認定證明書」的方式，是向地方出入國在留管理局提交申請書。
- 居留資格認定證明書交付申請書
- 照片
- 回郵信封
- 關於居留資格的證明文件等
關於居留資格的證明文件
「在留資格認定證明書」是外國人抵達日本時，於機場或海港提交的文件，用以證明其符合在留資格，此為取得登陸許可的四項條件之一。因此，欲取得該證明書，必須證明自身符合該在留資格。這需要依據各在留資格所設的「在留資格適用性」及省令標準等，證明符合相關條件，並非能一概而論。
申請費用
簽發居留資格認定證明書不收取任何費用。