取得居留資格後，並非只要在居留資格的範圍內生活，便能毫無顧慮地置之不理並繼續居留。實際上存在著需要辦理居留資格手續的情況與案例，必須據此辦理適當的手續。否則將無法維持適當的居留資格狀態，必然導致居留資格被撤銷或遭強制遣返。因此，即使實際日常生活順遂，作為居留法律基礎的居留資格適法性，仍應作為優先級最高、最重要的事項，予以細心留意。雖然這是個抽象且不常接觸的概念，但了解何時需要辦理手續至關重要。
更新
除特殊情況外，居留資格皆有期限，若逾期停留即屬「逾期居留」，將導致被強制遣返。因此，若希望在居留資格期限屆滿後仍繼續留在日本，則必須辦理居留資格更新以延長期限。
變更
每種居留資格都有其允許的生活活動範圍。不得超出該範圍進行居留生活。若持續從事超出範圍的活動，將直接導致居留資格被撤銷乃至強制遣返。若欲從事允許活動範圍以外的活動，或因轉職等原因導致活動內容變更時，必須變更為符合該情況的居留資格。視情況而定，亦可申請下述的「資格外活動許可」。
非資格活動許可
「資格外活動許可」與「居留資格變更」同屬申請類別，是用於從事許可範圍以外活動的申請。相較於居留資格變更適用於活動內容發生主要變動的情況，資格外活動許可則是在不變更原有許可活動範圍的前提下，進一步擴大活動範圍，主要適用於欲從事兼職或副業性質活動的情形。
再入境許可（含視同再入境許可）
外國人的出境分為「暫時出境」與「完全出境」。暫時出境是指在日居留的外國人，在維持日本居留資格的同時，短暫離境後再返回的相關手續。這相當於提出「我現在要離開日本，但之後還會回來，請維持我的法定居留資格」的申請。相對地，完全出境則是結束居留、將行李運回母國，並與日本正式告別的出境方式。再入境許可是辦理暫時出境所需的申請手續，若未辦理此手續便離境，將被視為完全出境，導致喪失居留資格，因此務必嚴加注意。了解在何種情況下、最遲何時、於何處以及如何申請，至關重要。
就業資格證明書
所謂「就業資格證明書」，是指當外國人欲轉換工作時，出入國在留管理局向企業出具的一份文件，用以證明「該外國人與其在新企業所從事的新工作內容相符，且該工作內容被認定為在其持有之在留資格範圍內」。藉此，無論是外國人或企業，皆可排除該次轉職可能構成非法就業的風險。這相當於一份針對轉職事宜的安全確認保證書。
申報義務
在日居留的外國人有義務定期或臨時向出入國在留管理廳通報其住址及受僱企業等資訊。若未履行此義務，將導致居留資格被撤銷，並可能被強制遣返。了解應就哪些事項、在何時及何處進行通報，至關重要。