「自動通關」是一種允許日本公民及外國人在辦理再入境或出境手續時，無需接受出入境審查官的面對面審查，而是透過機器自動完成手續的機制。該系統旨在簡化流程、減少排隊時間，為機場和旅客雙方帶來效率提升的優勢。
雖然本文後半部分會介紹最新的「臉部辨識閘門」，但持有在留卡的中長期在留外國人通常需要使用「自動通關」。
自動通關制度的效率化機制
自動通關帶來的效率提升主要體現在：無需像傳統流程那樣填寫紙質再入境或出境登記表，也無需為此在審查櫃檯前長時間排隊。
事實上，透過事先在日本國內入管局地方分局完成「希望者註冊」，將原本集中在機場的審查壓力分散到日常的行政工作中，在入管局組織內部實現了類似「審查外包」的高效運作。
誰可以使用自動通關
自動通關並非所有人都可以使用。根據出境或再入境的情況，其適用對象有所不同。此外，後述的臉部辨識閘門僅限「短期滯在」簽證持有者出境時使用，因此，持有在留卡的中長期在留外國人利用自動通關是效率最高的選擇。
從日本出境
從日本出境時可以使用自動通關的對象如下：
外國人
預先完成希望者註冊的外國人可以在出境時使用自動通關。
注意：與「視同再入境許可」並用時
許多中長期在留者使用的「視同再入境」制度，在通過自動閘機後，仍需向審查官提交再入境出境登記卡（ED卡）以獲取許可。因此，有時直接使用人工櫃檯反而更順暢。
日本人
出境前已在入管局地方分局完成希望者註冊，並提供了指紋資訊的日本公民。不過，對於大多數日本公民來說，使用後述的臉部辨識閘門通常效率更高。
再入境日本
再入境日本時可以使用自動通關的對象如下：
外國人
已獲得再入境許可（包括視同再入境許可），且預先在入管局地方分局完成希望者註冊並提供個人識別資訊（指紋及臉部照片）的外國人。
日本人
預先註冊過指紋的日本公民。同樣，建議日本公民優先使用臉部辨識閘門以獲得更好的體驗。
希望者註冊（自動通關使用申請）
如前所述，無論是日本公民還是外國人，使用自動通關都必須預先進行「希望者註冊」。
辦理地點
出入國在留管理局各地方分局或主要機場。
費用
免費
申請方法
在上述地點提交申請表和身份證明文件。在主要機場，也可以在出發當天辦理。辦理過程非常快，通常不到30分鐘即可完成。
所需資料
- 自動通關希望者註冊申請書
- 護照
- 在留卡
- （特殊永住者證明書，如適用）
如何使用自動通關
- 前往機場出入境審查場，選擇「自動通關（Automated Gate）」通道，而非人工櫃檯。
- 將護照的照片頁放在機器的讀取器上。
- 根據螢幕指示，掃描雙手食指的指紋。
- 閘門開啟後通過（如需蓋章，請向附近工作人員諮詢）。
臉部辨識閘門
臉部辨識閘門是一種利用臉部辨識技術進行身份驗證的自動出入境系統。與自動通關不同，它無需預先註冊，只要持有帶IC晶片的護照即可現場使用。但對於外國人，該系統僅限以「短期滯在」身份來日的外國人在出境時使用。
為什麼中長期在留外國人無法使用臉部辨識閘門
臉部辨識閘門看似更方便，因為它不需要任何準備工作。然而，其使用範圍被嚴格限制在日本人及短期遊客。這是基於臉部辨識系統在安全可靠性方面的脆弱性考慮。
臉部辨識閘門無法完全排除護照造假的風險
在臉部辨識閘門處，系統只是將IC晶片內的相片數據與持證人進行比對。如果IC晶片被高精度偽造，系統可能無法檢測到非法入境。換言之，系統只能選擇相信該晶片數據是真實的，存在無法識別偽造晶片的風險。
自動通關系統的高可靠性
相比之下，自動通關需要事先在入管分局進行申請。在申請過程中，入管局官員會檢查護照的真實性，包括：
- 印刷內容：浮水印、全息圖、微縮文字
- 紅外線/紫外線檢查：使用專用設備檢查肉眼無法識別的防偽油墨
- 物理觸感：重量、手觸感、裝訂方式、材料質感
在確認護照高度可靠後，由入管局直接將本人臉部相片及指紋資訊錄入系統，從而確保了身份驗證的絕對真實性。
因此臉部辨識閘門僅供低風險人群使用
綜上所述，兩套系統具有以下特徵：
| 自動通關 | 臉部辨識閘門 | |
|---|---|---|
| 事前註冊 | 需要 | 不需要 |
| 護照可靠性 | 高 | 普通 |
| 通關速度 | 快 | 最快 |
因此，對於在日期間較長、且有權從事就業活動等對日本社會影響較大的中長期在留者，要求使用更穩健的自動通關；而對於滯在時間短、且無法工作的短期遊客，則允許其在出境時使用效率更高的臉部辨識閘門。
出境留置
從日本出境是受基本人權保障的權利。但在某些特殊情況下，該權利會受到限制。特別是涉及犯罪嫌疑、防止罪犯逃亡，或未履行重大法律義務（如納稅、出庭等）時，為了公共利益，出境權可能會受到部分限制。